生物信息学与智能检验 -基于高通量测序的新冠肺炎诊断、新冠病毒基因组测序与序列分析返回

课程采用理论与实践紧密结合的形式，以新冠病毒的纳米孔高通量测序为例，系统地教授高通量测序的种类、原理以及分析方法，利用本教研室新建的纳米孔测序平台和数据分析平台/服务器系统地带领学生完成从测序数据下载、相关生物软件安装、数据分析、诊断结果判读，真正地提升学生生物医学大数据分析技能和“信息化”“智能化”意识和能力，使得学生毕业后能够胜任医学检验相关工作岗位，具有与时俱进的新技术接纳能力和素质。教学过程：先通过理论授课讲授高通量测序的主要种类及其各自的原理，文库构建测序，以及分析流程；环境配置、数据下载，并进行相关生物信息学软件的安装和数据分析；已发表在Nature杂志的文章为案例（Wu, Fan et al. Nature vol. 579,7798 (2020): 265-269.）登录NCBI-GenBank数据库进行新冠病毒原始数据下载；将下载的原始数据进行分析，blast比对，用mega软件进行多重比对，然后构建系统发育树，从而确定病毒的性别。为进一步确定病毒的变异类别，将拼接得到的基因组序列输入在线分析平台Pango Lineages进行 lineages变种分析，确定变种类别，从而完成整个分析流程。教学内容创新：采用的案例为近几十年来对人类影响和危害最大的传染病的疫情-新冠病毒，使得教学活动与医学实践紧密结合；讲授的内容非常先进，本课程所涉及的高通量测序及分析技术为目前国际最先进的科研成果，部分技术为申请人所在课题组原创（已发表几十篇相关科研论文）；教学内容完整、系统：本章节完整而系统地讲授从高通量测序的种类、原理到具体的分析方法，利用本教研室新建的纳米孔测序平台和数据分析平台/服务器系统地完成从测序数据下载、相关生物软件安装、数据分析、诊断结果判读的整个流程。

教学方法创新：将理论教学与实际案例操作（CBL）有机结合，既有理论学习又有上机（服务器）实际操作；将医学理论与医学实践结合，学以致用，能够将学到的最新医学大数据分析技术应用于临床解决临床中的疑难感染诊断难题。